Historia parafii związana jest z dziejami całej miejscowości, zwłaszcza że od niedawna parafię i gminę łączy wspólny patron, św. Michał Archanioł. Pierwsze historyczne informacje o Werbkowicach sięgają roku 1394. Z tym okresem wiążą się początki parafii łacińskiej w Grabowcu, którą ufundował 2 lutego 1394r. książę Ziemowit IV. W skład parafii weszła także nasza miejscowość. Przez długie lata na terenie Werbkowic działała parafia greckokatolicka. W 1864r. ówczesny właściciel wsi, hrabia Antoni Szydłowski ufundował nową unicką cerkiew. Po likwidacji unickiej diecezji chełmskiej świątynia przeszła w ręce prawosławnych.
Od 1913r. Werbkowice przeszły do parafii Trzeszczany. 15 VIII 1918r., niedługo przed odzyskaniem przez Polskę niepodległości, w Werbkowicach dawna cerkiew prawosławna została wyświęcona i dołączyła do świątyń katolickich. 7 XI 1919r. bp Marian Fulman erygował parafię pw. św. Michała Archanioła w Werbkowicach. W okresie międzywojennym została przebudowana wieża, która nadała kościołowi wygląd świątyni katolickiej. Następnie usunięto malowidła mające charakter prawosławny, ogrodzono kościół i cmentarz.
W 1937r. zostały zorganizowane misje święte.
1 IX 1939r. wybuchła II wojna światowa. Proboszczem w Werbkowicach był wówczas ks. Franciszek Zenta, który musiał opuścić budynek świątyni, którą zajęli Ukraińcy, natomiast plebania została zamieniona na posterunek ukraińskiej milicji.
14 II 1945r. przybył z Sokołowa do Werbkowic ks. Franciszek Klinger. Świątynia była zniszczona, ale wkrótce przystąpiono do remontu kościoła, który 18 III 1945r. został wyświęcony przez ks. Franciszka. I tak zaczęła się wieloletnia praca tego zasłużonego kapłana.
Najważniejsze inwestycje ks. Klingera:
1948- zakup dwóch sztandarów żałobnych
1950- zakup bożonarodzeniowej szopki
1953- zakupiono krzyż do kruchty różańca na procesję
1955- oświetlenie kościoła
1956- wykonanie ławki do kościoła
1956- dobudowa zakrystii od strony plebanii
1960/1961- postawienie nowej dzwonnicy oraz początek budowy plebanii
1975- wykonanie ogrodzenia kościoła.
Z Sokołowa do Werbkowic m.in zostały przywiezione relikwie drzewa Krzyża św. i obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Ksiądz Klinger zapragnął, aby cześć tego obrazu była kontynuowana w Werbkowicach i aby można było odprawić odpust parafialny ku czci MBNP. Bp Michał Klepacz udzielił pozwolenia i pierwsza uroczystość odpustowa odbyła się 1 VII 1956r.
W 1975r. teren parafii uległ zmniejszeniu na skutek utworzenia nowej parafii w Hostynnem. W 1986r. z terenu parafii wydzielono Samodzielny Ośrodek Duszpasterski, a od roku 1990 samodzielną parafię w Terebiniu. W 1998r. utworzono z terenów parafii Werbkowice parafię Gozdów. Obecnie do parafii należą następujące miejscowości: Alojzów (część), Łysa Góra, Strzyżowiec, Terebiniec (część), Werbkowice, Wilków i Wilków Kolonia.
W 1986r. ks. Franciszek Klinger został przeniesiony na emeryturę, jego następca został ks. Adam Marek, który kontynuował inicjatywy duszpasterskie i gospodarcze swojego poprzednika. 13 XI 1987r. wydano pozwolenie na budowę nowego kościoła. 10 IV 1988r. ówczesny kanclerz diecezji lubelskiej, ks. Franciszek Przytuła odprawił mszę św. na placu budowlanym. 23 IV 1989r. odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła, poświęcenia dokonał bp Piotr Hemperek. 29 VI 1997r. ordynariusz diecezji zamojsko-lubaczowskiej, bp Jan Śrutwa dokonał konsekracji nowej świątyni, która służy swoim wiernym do dzisiaj.
W 2001r. w wyniku zmian personalnych nowym proboszczem parafii został ks. Tomasz Rogowski, który zainicjował wykonanie nowego ogrodzenia cmentarza parafialnego.
Po siedmiu latach duszpasterskiej pracy ks. Rogowski przeszedł do parafii w Złojcu, natomiast do Werbkowic przybył ks. Marian Oszust, który w 2009r. dokończył budowę nowej plebanii. Krótki, ale intensywny był pobyt ks. Oszusta, który już po dwóch latach opuścił parafię i udał się do pracy duszpasterskiej w Cześnikach. Od 2010r. proboszczem był ks. Adam Siedlecki, który w 2017r. został proboszczem w Luchowie Górnym. Od 2017r. proboszczem jest ks. kan. Stanisław Kupczak.
Od 1997r. parafianie mają swoją nową świątynię, ale nie zapomnieli o starym kościele, nazywanym przez ks. Siedleckiego ”kościółkiem”. W tym celu założone zostało Stowarzyszenie Na Rzecz Remontu Drewnianego Kościoła Zabytkowego w Werbkowicach. Organizacja ściśle współpracuje z ks. proboszczem. W ostatnim czasie zorganizowano zbiórkę pieniędzy na rzecz remontu „kościółka”, który potrzebuje natychmiastowego remontu i renowacji.
Lista proboszczów parafii w Werbkowicach:
1. ks. Józef Sikorski (1919-1923)
2. ks. Jan Stromke (1923-1924)
3. ks. Walenty Machoń (1923?)
4. ks. Kazimierz Czekański (1924-1930)
5.ks. Piotr(?) Tarkowski (1930)
6. ks. Andrzej Marusa (1930-1932)
7. ks. Franciszek Zenta (1932-1942)
8. ks. Wojciech Zwolak (1944-1946)
9. ks. Franciszek Klinger (1946-1986)
10. ks. Adam Marek (1986-2001)
11. ks. Tomasz Rogowski (2001-2008)
12.ks. Marian Oszust (2008-2010)
13. ks. Adam Siedlecki (2010-2017)
14. ks. kan. Stanisław Kupczak (2017- )
Lista wikariuszy:
1. ks. Kazimierz Ostrzyżek (1952-1956)
2. ks. Henryk Józefko (1956-1957)
3. ks. Zdzisław Kaleński (30 VI-4VIII 1957 r.)
4. ks. Aleksander Baca (1957-1963)
5. ks. Jan Bednara (1961-1965)
6. ks. Kazimierz Florek (1963-1965)
7. ks. Józef Dobrowolski (1963-1967)
8. ks. Czesław Biziorek (1967-1969)
9. ks. Jan Świś (1967-1969)
10. ks. Marian Luniak (1969-1982)
11. ks. Bolesław Michalski (1982-1985)
12. ks. Aleksander Tabaka (1987-1989)
13. ks. Leszek Szuba (1988-1991)
14. ks. Leszek Żelazny (1991-1994)
15. ks. Stanisław Solilak (1994-1998)
16. ks. Krzysztof Górniak (1995-1996)
17. ks. Stanisław Ciupak (1996-1997)
18. ks. Stanisław Bełz (1997-2000)
19. ks. Daniel Pachla (2000-2007)
20. ks. Waldemar Górski (2000-2005)
21. ks. Tomasz Migas (2005-2008)
22. ks. Waldemar Pietrucha (2007-2009)
23. ks. Paweł Zubrzycki (2008-2009)
24. ks. Marek Krzyżan (2009-2011)
25. ks. Grzegorz Kowalski (2009 – 2010)
26. ks. Zbigniew Gaca (2010-2011)
27. ks. Mariusz Dziadosz (2011-2015)
28. ks. Stanisław Burda (2011-2015)
29. ks. Jan Borysowski (2012-2013)
30. ks. Andrzej Łuszcz (2013-2014)
31. ks. Krzysztof Groszek (2015-2017)
32. ks. Krzysztof Augustynek (2015-2019)
33. ks. Marcin Lewczuk (2017-2021 )
34. ks. Konrad Zalewski (2021 –
Opracowała: Pani Edyta Wolańczuk
Fotografie: Archiwum parafialne.